1.1 Perkembangan dan pertumbuhan larva biota air
1.2 Aspek reproduksi biota air
1.3 Aspek pertumbuhan biota air
1.4 Kebiasaan makanan dan keterkaitannya dengan lingkungan
1.5 Perkembangan histologis gonad
1.6 Hubungan morfometrik dan meristik pertumbuhan ikan

2.1 Analisis respon fisiologis biota perairan terhadap lingkungan perairan
2.2 Pengkajian bioakumulasi dan biomagnifikasi polutan dalam tubuh biota perairan
2.3 Analisis bioassay dan kajian enzim untuk memantau kondisi lingkungan perairan

3.1 Identifikasi jenis dan komposisi biota perairan (tawar, laut, payau)
3.2 Pengkajian distribusi dan adaptasi biota perairan
3.3 Ekologi populasi dan komunitas biota perairan
3.4 Pengembangan indikator ekologis

4.1 Analisis fungsional ekosistem perairan bagi pengelolaan sumberdaya perairan

4.2Analisis kesesuaian dan daya dukung perairan untuk pengelolaan sumberdaya perairan

4.3Upaya konservasi ex-situ dan in-situ biota perairan

4.4Mitigasi sumberdaya perairan

4.5Restorasi dan rehabilitasi sumberdaya perairan

4.6Pengembangan transplantasi karang dan teknik terumbu karang buatan serta evaluasi suksesi terumbu karang Pengkajian keanekaragaman hayati perairan dalam rangka pengembangan ekowisata perairan.

5.1Pengkajian keanekaragaman hayati perairan dalam rangka pengembangan ekowisata perairan

5.2Pengembangan kegiatan ekowisata perairan di Taman Nasional Laut (TNL) dan Taman Wisata Air (TWA)