1.Pengelolaan kualitas air  sebagai tolok ukur status dan nilai guna ekosistem perairan yang mendukung interaksi dinamis antar komponen biotik dan/atau dengan komponen abiotiknya.

  1. Kajian faktor morfo-edafik serta komponen biotik dan/atau abiotik air sebagai tolok ukur status ekosistem perairan.
  2. Analisis dan evaluasi kualitas air sebagai tolok ukur status ekosistem perairan yang mendukung komponen biotik perairan.
  3. Evaluasi dan prediksi dinamika ekosistem perairan berkaitan dengan degradasi perairan (pencemaran) dan pengkayaan perairan (eutrofikasi).
  4. Pengelolaan kualitas air pada ekosistem perairan terbuka dalam upaya menjaga, memanfaatkan, dan/atau meningkatkan nilai guna sumberdaya perairan dengan cara pengendalian, restorasi, dan rehabilitasi.
  5. Pengelolaan kualitas air pada ekosistem perairan tertutup melalui upaya mempertahankan kondisi, memperbaiki, dan meningkatkan kualitas air buangan serta media hidup biota, secara fisika, kimia, dan biologi (bioremediasi).
  6. Pengelolaan kualitas air dengan sistem waste minimization (resirkulasi dan optimasi pemanfaatan air/reused).
  7. Kajian peningkatan nilai guna air sebagai media tumbuh untuk mengoptimalkan pembentukan dan tumbuh kembang biomassa organisme dalam ekosistem perairan.
  8. Analisis dan evaluasi status trofodinamik ekosistem perairan serta prediksi tingkat produktivitas perairan.

2.Pengembangan teknik dan metode dalam penggunaan dan pemanfaatan plankton, benthos, tumbuhan air, dan mikroorganisme perairan sebagai pembentuk biomassa dalam rangka penentuan tingkat kesuburan perairan

  1. Identifikasi, determinasi dan evaluasi plankton, benthos, tumbuhan air, dan mikroorganisme akuatik untuk menilai tingkat eutrofikasi ekosistem perairan.
  2. Kajian mengenai plankton, benthos, tumbuhan air dan mikroorganisme perairan sebagai anggota komponen biotik yang berperan dalam proses produksi suatu ekosistem perairan.
  3. Aplikasi plankton, benthos, tumbuhan air dan mikroorganisme akuatik sebagai bioindikator kesuburan perairan.
  4. Isolasi plankton, benthos, tumbuhan air, dan mikroorganisme perairan dari lingkungan perairan alami.
  5. Penerapan inovasi sains dan teknik baru bagi plankton, benthos, tumbuhan air, dan mikroorganisme perairan dalam rangka mendapatkan produktivitas yang optimal dan berkelanjutan.

3.Pengembangan teknik dan metode dalam penggunaan dan pemanfaatan plankton, benthos, tumbuhan air, dan mikroorganisme perairan sebagai bioindikator dalam rangka penentuan tingkat pencemaran perairan

  1. Identifikasi, determinasi dan evaluasi plankton, benthos, tumbuhan air, dan mikroorganisme perairan untuk menilai tingkat degradasi  ekosistem perairan.
  2. Kajian mengenai plankton, benthos, tumbuhan air dan mikroorganisme akuatik sebagai anggota komponen biotik yang berperan sebagai pendaur ulang (decomposer) dalam proses pulih diri suatu ekosistem perairan.
  3. Aplikasi plankton, benthos, tumbuhan air dan mikroorganisme perairan sebagai bioindikator pencemaran perairan.
  4. Isolasi plankton, benthos, tumbuhan air, dan mikroorganisme perairan dari lingkungan perairan yang telah mengalami degradasi.
  5. Penerapan inovasi sains dan teknik baru bagi plankton, benthos, tumbuhan air, dan mikroorganisme perairan dalam memperbaiki kualitas air untuk meningkatkan nilai guna sumberdaya perairan.
  6.  Pemanfaatan plankton, benthos, tumbuhan air, dan mikroorganisme perairan untuk kajian status dan nilai guna ekosistem perairan.

4.Pengembangan ilmu dan metode penentuan daya dukung perairan untuk menunjang produktivitas yang optimal dan berkelanjutan

  1. Kajian daya dukung perairan terbuka dan/atau tertutup ditinjau dari kapasitas air sebagai media tumbuh biota perairan
  2. Analisis dan evaluasi daya dukung perairan terbuka dan/atau tertutup berdasarkan peruntukan air sebagai sumberdaya yang langsung dimanfaatkan, serta pemenuhan kenyamanan secara ekologis biota perairan yang tumbuh dan berkembang di dalam air secara optimal dan berkelanjutan.
  3. Prediksi capaian daya dukung perairan terbuka dan/atau tertutup berdasarkan peruntukan air sebagai sumberdaya yang langsung dimanfaatkan, serta pemenuhan kenyamanan secara ekologis biota perairan yang tumbuh dan berkembang di dalam air secara optimal dan berkelanjutan.

5.Formulasi model pengelolaan perairan secara terintegrasi berbasis daya dukung dan produktivitas yang optimal 

  1. Kajian mengenai dinamika kualitas air dalam sistem perairan terbuka dan/atau tertutup, dan cara pengelolaannya.
  2.  Perencanaan dan penentuan program manajemen sumberdaya perairan dan penentuan kebijakan pengelolaan sumberdaya perairan.
  3. Memformulasikan model pengelolaan perairan secara terintegrasi dengan mempertimbangkan kapasitas ekologis dengan memadukan daya dukung dan kemampuan pulih diri secara alamiah dari ekosistem perairan yang dieksploitasi sehingga pemanfaatannya dapat berkelanjutan dengan produktivitas yang optimal.