Departemen Manajemen Sumberdaya Perairan (MSP) didirikan setelah adanya integrasi antara Divisi Perikanan Biologi dan Departemen Hidrobiologi pada tahun 1981. Kedua bagian sebelumnya diciptakan pada saat yang sama dengan FFMS pada tahun 1963. Secara administratif, MSP diperkuat oleh Keputusan Menteri Pendidikan Nasional Nomor 0546/1983 dan dipulihkan melalui Keputusan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan No. 0110/0/1985.

Program Studi Sarjana MSP telah mendapatkan akreditasi “A” dari BAN-PT Dikti, Kementerian Pendidikan dan Kebudayaan yang berlaku hingga tahun 2018; juga mendapatkan sertifikat akreditasi ISO 9001:2008 dari Lembaga Sertifikasi Sucofindo; dan tengah mempersiapkan diri untuk mendapatkan sertifikat akreditasi internasional dari AUN QA yang merupakan mandat dari IPB yang memiliki visi sebagai perguruan tinggi bertaraf internasional   dan terkemuka dalam bidang pertanian, perikanan dan ilmu kelautan, dan biosains tropika.